Habiendo recuperado algunos lapsos de memoria y ya con conocimiento de su verdadero nombre, el espía renegado Jason Bourne regresa a su país para enmendar todo el daño que hizo mientras fue una máquina de matar, pero sobre todo para castigar a quienes lo hicieron así. El proyecto del que salió, Treadstone, ha sido convertido en otra variante y el nuevo jefe lo considera una amenaza, por lo que quiere eliminarlo a toda costa.